Malaysia Airlines telah disenaraikan dalam Bursa Malaysia di bawah nama Malaysian Airlines System berhad. Ibu syarikatnya adalah Penerbangan Malaysia Berhad. Syarikat penerbangan ini telah mengalami kerugian selama beberapa tahun akibat kenaikan harga minyak dan pengurusan yang tidak cekap. Kerajaan Malaysia telah merombak operasi syarikat penerbangan ini dan Idris Jala telah dilantik sebagai CEO yang baru pada 1 Disember 2005. Di bawah kepimpinan beliau, Malaysia Airlines telah membentangkan Business Turnaround Plan (BTP) pada Februari 2006 yang telah mendedahkan kekurangan hasil, rangkaian yang tidak berkesan dan tahap produktiviti staff yang rendah. Bangunan ibu pejabat Malaysia Airlines yang pernah dijadikan hiasan pada wang kertas RM20 pada suatu masa dahulu telah dijual. Ibu pejabat korporat Malaysia Airlines kini terletak di Lapangan Terbang Sultan Abdul Aziz Shah di Subang, Selangor.

Saham syarikat penerbangan ini dipegang oleh Penerbangan Malaysia Berhad (PMB) (64.43%), Employees Provident Fund Board (10.72%), Amanah Raya Nominees (Tempatan) Sdn Bhd (5.69%), State Financial Secretary Sarawak (2.71%) dan Warisan Harta Sabah (2.4%). Syarikat ini mempunyai 19,546 kakitangan pada Mac 2007.

Malaysia Airlines mempunyai ibu pejabat dan pejabat berdaftar di tingkat pertama Bangunan Pentadbiran, Zon Sokongan Selatan di Lapangan Terbang Antarabangsa Kuala Lumpur (KLIA), Sepang, di wilayah Lembah Klang.[1]

Sebelumnya ibu pejabat syarikat penerbangan berada di tingkat tiga Kompleks Pentadbiran MAS di Subang Airport,[2][3] di Subang.[4] Sebelum pembinaan ibu pejabat MAS Kuala Lumpur, syarikat penerbangan menyewa ruang di ibu pejabat UMBC.[5] Syarikat penerbangan ini mempunyai ibu pejabat korporat tetap di Bangunan MAS,[6] memiliki 34 tingkat[4][5] bangunan yang dimilikinya di sepanjang Jalan Sultan Ismail.[5][4] In 2005 The Star said that the building was "reported to be worth between RM300mil and RM350mil."[5]

Pada tahun 2006, syarikat penerbangan itu memindahkan ibu pejabatnya dari bangunan Kuala Lumpur ke bekas ibu pejabat di Subang. [4] Channel News Asia menyatakan bahawa syarikat penerbangan itu "terpaksa" menjual bekas ibu pejabat.[7]

Pada tahun 2010, Permodalan Nasional Berhad membeli Bangunan MAS dari syarikat penerbangan. Pemilik baru merancang untuk merombak bangunan itu, dengan memasang blok pangsapuri hotel lima bintang dan menaik taraf pejabat ke Gred A ++.[8]